《风色幻想5：赤月战争》除了在剧情细腻度和设定上会维持过去的风格，剧情还将突破性的出现两名女主角。玩家在进行剧情之时，可与两名女主角逐渐交流彼此的感情，而玩家在进行剧情中所做的选择，也会影响着两名女主角的剧情路线，并导致最终结局走向的分歧。怀抱着坚定的赎罪之心，这七个人经历了赤与蓝之神最严厉的考验，并在几近牺牲自己生命的试练即将结束时，得到了与诸神沟通的机会。神罚的代言者-赫尔梅斯，在七贤者的眼前，降临了。