《全面战争：将军2》时代背景与2000年推出的《幕府将军》相似，都瞄准了应仁之乱后的日本战国时代。游戏提供了九方势力可选，设计师希望在这一代游戏中突出“核心元素”，游戏中仅有30-40个核心单位，每个派系20个左右，每个单位都有其独特的作用。游戏中引入了英雄单位，并首次实现了多人模式下的组队对抗。